Вам нужно проверить наличие файлов index.php, или других index.html, index.htm в директориях public_html или директориях поддоменов.

Файлы сайта должны быть закачаны в директорию /domains/имя_домена/public_html
а файлы поддомена в директорию /domains/имя_домена/public_html/имя_поддомена